Im 1. Freien Training in Jerez war noch Loris Capirossi der Spitzenreiter. Im zweiten Training übernahm der amtierende Champion Valentino Rossi das Kommando.

Der Italiener setzte sich hauchdünn gegen seinen Landsmann auf der Ducati durch und sicherte sich damit die erste Tagesbestzeit des Jahres 2006. Knapp hinter dem Duo Rossi und Capirossi reihte sich Dani Pedrosa auf dem dritten Rang ein.

Das Spitzenquartett komplettierte Ducati-Neuzugang Sete Gibernau, der ebenfalls nur zwei Zehntel auf die Bestzeit verlor. Auf Rang 5 rangierte sich der beste Kawasaki-Pilot Shinya Nakano vor Marco Melandri und Colin Edwards ein.

Die Top10 komplettierten Nicky Hayden, Randy de Puniet und Toni Elias. Alex Hofmann wurde mit gut zwei Sekunden Rückstand Vorletzter.