Zum Start des Moto2-Rennens herrschten trockene Bedingungen in Brünn, allerdings zogen sich die Wolken über dem tschechischen Kurs immer weiter zu. Sechs Runden vor Rennende fielen die ersten Regentropfen auf der Strecke. Esteve Rabat hielt sich allerdings vom Start bis ins Ziel nach 20 Runden deutlich an der Spitze und gewann am Ende 3.274 Sekunden vor Mika Kallio. Sandro Cortese feierte als Dritter seinen ersten Podestplatz.
Rabat kam von der Pole gut weg und ging als Erster in die erste Kurve. Sam Lowes, Cortese, Kallio, Dominique Aegerter, Tom Lüthi und Marcel Schrötter reihten sich dahinter ein. Simone Corsi, Julian Simon und Maverick Vinales komplettierten die vorübergehenden Top-10. Wildcard-Pilot Lucas Mahias und Lorenzo Baldassarri stürzten in der ersten Runde. Mahias konnte weiterfahren. Nach der ersten Runde führte Rabat fast eine halbe Sekunde vor Lowes und Kallio, der sich Cortese geschnappt hatte. Die Schweizer lagen dahinter. Schrötter war auf Position neun zurückgefallen.
Tetsuta Nagashima stürzte in der dritten Runde, nachdem Kallio an der Spitze an Lowes vorbei auf Rang zwei und auf die Jagd nach seinem Teamkollegen an der Spitze gegangen war. Dahinter kämpften Cortese, Lüthi und Aegerter hart um Platz vier. Eine Runde später stürzte Lowes. Nachdem er seine Maschine mit den Streckenposten wieder in Gang bringen konnte, reihte er sich am Ende des Feldes wieder ein. Wenige Runden später bog der Rookie in die Boxengasse ein und musste aufgeben. Damit rückte Cortese auf Rang drei nach und lag auf Podestkurs.
Der tschechische Wildcard-Fahrer Miroslav Popov bremste in runde acht zu spät und beförderte Robin Mulhauser mit sich in den Kies, während Corsi auf Platz 17 zurückfiel. Mulhauser konnte im hinteren Feld weiterfahren. Zur Rennhälfte führte Rabat mit über zwei Sekunden vor seinem Teamkollegen Kallio. Cortese lag weiterhin auf Position drei, während sich Lüthi und Aegerter dahinter einen schweizer Kampf lieferten. Vinales lag auf Position sechs vor Simon und Johann Zarco. Schrötter und Mattia Pasini lagen unter den Top-10. Sieben Runden vor Rennende fielen in der Boxengasse erste Regentropfen.
Eine Runde später wurden die Regenflaggen geschwenkt, die anzeigen, dass einige Tropfen nun auch die Strecke erreicht hatten. Rabat hob seine Hand und wollte damit einen Rennabbruch erreichen. Diese Chance nutzte Kallio, um eine halbe Sekunde auf seinen Teamkollegen aufzuschließen. Dennoch führte der WM-Leader noch 2.6 Sekunden vor dem Finnen. Fünf Runden vor Rennende hatte der vereinzelte Regen wieder nachgelassen. Luis Salom stürzte und ließ seinem Ärger im Kiesbett freien Lauf.
Rabat baute seinen Vorsprung in den letzten Runden weiter aus und sicherte sich am Ende einen sauberen Sieg. 3.274 Sekunden hinter ihm kam Kallio ins Ziel, während Cortese den dritten Platz nach Hause fuhr und damit zum ersten Mal in der Moto2 aufs Podest fuhr. Lüthi verteidigte den vierten Platz vor Aegerter. Vinales holte Rang sechs vor Simon. Franco Morbidelli sah die Zielflagge als Achter vor Zarco. Schrötter eroberte den zehnten Rang. Axel Pons, Corsi, Hafizh Syahrin, Xavier Simeon und Jonas Folger nahmen die letzten Punkte aus Brünn mit. Randy Krummenacher landete auf Position 24, Mulhauser auf 30.
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