Gleich zu Beginn legte Alex Rins eine 1:51.697 vor und setzte sich an die Spitze des Feldes. Diese Bestmarke unterbot er dann sogar noch selbst. Der frischgebackene Weltmeister Zarco dagegen spulte aus Rang drei liegend wie ein Uhrwerk Runden um seine persönliche Bestzeit ab. Nach Halbzeit drehte Zarco dann kurz auf, lag bis kurz vor die Ziellinie auf Bestzeit-Kurs und wurde dann im Verkehr aufgehalten. Dann aber gelang ein deutscher Paukenschlag: Wie aus dem Nichts konnten sich Sandro Cortese und Jonas Folger auf Eins und Zwei setzen. Rins allerdings konterte sofort mit 1:51.246. Kurz vor Schluss brannte er sogar noch eine 1:50.938 in den japanischen Asphalt und bestätigte diese Leistung auf seiner letzten fliegenden Runde mit 1:50.909. Zarco setzte sich hinter ihm, schaffte es aber nicht, unter 1:51 Minuten zu bleiben. Cortese und Folger konnten sich in der Schlussphase nicht mehr steigern, aber Tom Lüthi legte noch einen Zahn zu und schob sich zwischen die beiden Deutschen.

Die Platzierungen: Schnellster im FP3 war Rins, gefolgt von Zarco und Cortese. Lüthi landete auf Rang vier, hinter ihm reihten sich Folger, Lowes und Nakagami ein. Die achtschnellste Zeit legte Baldassarri vor, Syahrin und Marquez komplettierten die Top Ten. Die Platzierungen der weitere deutschsprachigen Fahrer: Krummenacher auf 14, Schrötter auf 22, Raffin auf 24, Mulhauser auf 27, Alt auf 30.

Die Zwischenfälle: Gleich nach wenigen Minuten verbremste sich Sam Lowes und pflügte durch den japanischen Kies. Nach einer Viertelstunde musste Xavier Vierge nach einem Verbremser in Turn 1 ins Kiesbett, konnte sich erst auf dem Motorrad halten und kippte dann doch noch um. Er konnte aber weiterfahren. Zwanzig Minuten vor Schluss produzierte Axel Pons seinen dritten Crash des Wochenendes, er flog zwar heftig ins Kiesbett, konnte aber noch an die Box weiterfahren. Fünf Minuten vor Schluss hatte Julian Simon einen wilden Highsider und schlug hart auf, konnte aber gleich wieder aufstehen. Sein Training war damit jedoch beendet. In der vorletzten Trainingsminute rutschte Azlan Shah in Turn 10 weg, konnte aber gleich weiterfahren.

Das Wetter: Etwas weniger schön als am Freitag präsentierte sich das japanische Wetter am Samstag Vormittag im FP3 der Moto2. Leicht bewölkt, Lufttemperaturen von 22 Grad und Asphalttemperaturen von 30 Grad boten etwas weniger optimale Bedingungen als am Vortag. Wie sich das Wetter weiter entwickeln wird und ob es am Rennsonntag sogar regnen kann, ist noch unklar.

Die Analyse: Rins will die Pole. Diesen Anspruch hat er mit seinen beeindruckend konstanten schnellen Rundenzeiten im FP3 von Motegi angemeldet und so die Dominanz des frischgebackenen Weltmeisters Zarco vom Freitag gebrochen. Allerdings wirkte Zarco nicht, als ob er schon absolut am Limit war. Gut möglich, dass er im FP3 schon mehr am Renn-Setup arbeitete und die Zeitenjagd nur zweitrangig betrachete. Auch wenn er im Klassement am Ende zwei Zehntel Rückstand aufgebrummt bekam, muss man mit Zarco im Qualifying rechnen, er hat sicherlich noch den ein oder anderen Pfeil im Köcher. Sehr erfreulich verlief das FP3 aus deutschsprachiger Sicht, mit Cortese, Vorjahressieger Lüthi und Folger sind gleich drei deutschsprachige Moto2-Fahrer in Schlagdistanz zur ersten Startreihe.